Préserver les 100 000 milliards de bactéries de notre intestin, un véritable enjeu pour la santé

Notre tube digestif est colonisé par un gigantesque écosystème microbien constitué de 100 000 milliards de bactéries. Nous vivons en symbiose avec ces micro-organismes qui nous sont indispensables, et qui ont le plus souvent un rôle protecteur sur notre santé. Cependant, des altérations de la microflore intestinale impactent l’immunité et le développement d’affections chroniques comme l’obésité, le diabète, les maladies inflammatoires de l’intestin, ou même certains cancers. Les déséquilibres influent également sur notre santé mentale (humeur, stress, dépression, etc.). Vous vous interrogez certainement sur l’action de ces organismes microscopiques sur notre bien-être et les pathologies qui nous atteignent. Souhaitez-vous aussi découvrir comment préserver ou rééquilibrer le microbiote intestinal ? Vous trouverez les réponses et des conseils dans cet article !

Qu’est-ce que la microflore intestinale ?

Notre microbiote intestinal est composé d’un ensemble de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes, localisés essentiellement dans l’intestin grêle et le côlon.

Ses principales caractéristiques sont qu’il :

• comporte près de 200 espèces bactériennes différentes chez un individu sain ;
• pèse 2 kg, soit le double du cerveau ;
• contient 10 fois plus de micro-organismes qu’il n’y a de cellules dans l’organisme entier ;
• renferme 600 000 gènes contre seulement 23 000 dans l’ensemble du génome humain.

Cela en fait, selon les chercheurs, un organe à part entière au rôle majeur dans la santé.

Environ 80 % des espèces bactériennes présentes chez un individu lui sont propres. Chaque microbiote est donc unique, tout comme l’empreinte digitale. Il se met en place à la naissance, puis s’enrichit progressivement via l’allaitement et l’alimentation pour se stabiliser vers l’âge de trois ans.

La composition du microbiote est influencée par différents facteurs (alimentation, prise d’antibiotiques, état psychologique, etc.). La science montre un lien entre la diversité microbienne, le mode de vie et l’apparition de pathologies. Ainsi, l’intestin des personnes en bonne santé est beaucoup plus riche en espèces bactériennes que celles qui sont atteintes d’une maladie chronique.

Nous sommes en étroite interdépendance avec ce monde microbien qui vit en nous, chacun tirant avantage de l’autre. Cet équilibre est la symbiose. Mais des altérations que l’on appelle dysbiose peuvent l’atteindre et affecter la santé.

Quel est le rôle des micro-organismes du tube digestif dans notre santé ?

« Ce sont les relations entre nos cellules et les microbes qui nous protègent ! » — Joël Doré, directeur scientifique à l’Inra

Des fonctions essentielles dans la digestion et la santé intestinale

Le microbiote intestinal joue un rôle clé dans la digestion. Il fermente les résidus indigestibles de notre alimentation (fibres, pectines, sucres complexes). Grâce à cela, et par sa présence dans l’intestin, il offre à notre organisme de nombreux avantages :

• production de composés qui sont source d’énergie et acteurs de la bonne santé de la muqueuse intestinale ;
• participation à la synthèse de la vitamine K, de vitamines du groupe B et d’acides aminés essentiels que notre corps ne sait pas fabriquer ;
• facilitation de l’assimilation de certains nutriments (acides gras, minéraux, etc.).

Un rôle central dans le système de défense immunitaire

La microflore intestinale contribue à notre défense en assurant plusieurs fonctions fondamentales :

• Protection directe via l’effet barrière : en adhérant aux parois de l’intestin, et en étant en compétition pour les nutriments, les bactéries empêchent l’implantation de germes indésirables. Elles produisent également des substances bactéricides.
• Maturation de notre système immunitaire : en lui apprenant à distinguer les micro-organismes utiles des pathogènes et des substances étrangères, le microbiote participe à l’installation des mécanismes de défense.
• Stimulation et régulation du système immunitaire intestinal : près de 70 % des cellules responsables de notre immunité sont concentrées dans l’intestin.

Le microbiote active le système immunitaire et celui-ci influence, en retour, sa composition et sa diversité.

Une implication dans la santé mentale et émotionnelle

L’intestin est relié au système nerveux central par plus de 200 millions de neurones. Il reçoit des informations du cerveau, mais ce dernier répond également à des stimuli envoyés par les bactéries. Celles-ci jouent aussi un rôle dans la régulation de la sérotonine, hormone du bien-être, produite à 90 % dans l’intestin. Les micro-organismes du tube digestif contribuent ainsi au fonctionnement cérébral et à la régulation des émotions.

Les découvertes s’accumulent sur l’influence des bactéries intestinales sur notre état mental et certaines maladies neurodégénératives et neuropsychiatriques : stress, dépression, Alzheimer, autisme, etc.

Des liens avec de nombreuses maladies

Des déséquilibres du microbiote sont retrouvés dans plusieurs pathologies :

• maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) ;
• troubles métaboliques : obésité et diabète ;
• cancers : gastrique, colorectal et même cancer du sein ;
• allergies.

L’étude de la microflore intestinale est en plein essor depuis les années 2000, grâce au séquençage ADN. Cette nouvelle science, appelée la métagénomique, est en passe de révolutionner nos connaissances. Elle ouvre aussi d’énormes perspectives en nutrition préventive et en médecine.

Comment rééquilibrer le microbiote intestinal ?

Bien nourrir la microflore du tube digestif pour l’enrichir

Une grande diversité d’aliments à base de plantes

Varier les produits végétaux, comme les fruits et légumes, céréales, légumineuses, fruits à coque et graines, nourrit idéalement nos bactéries intestinales. Les parties de ces plantes dont la fermentation améliore la composition ou l’activité du microbiote sont appelées prébiotiques. Les plus représentatifs d’entre eux sont les fibres.

La diversité de notre alimentation végétale entretient les différentes populations microbiennes, en apportant une grande richesse en fibres adaptées à chacune des espèces. Et plus les bactéries intestinales sont variées, mieux c’est pour notre santé.

Voici quelques rappels et conseils pour augmenter l’apport en fibres :

• Manger (au moins) 5 fruits et légumes par jour comme préconisé par le PNNS.
• En consommer au minimum 400 g quotidiennement, c’est recommandé par l’OMS, depuis 2003.
• Les diversifier en pensant à inclure les végétaux les plus riches en prébiotiques : artichaut, asperge, oignon, ail, poireau, topinambour, panais, banane, pomme, pêche, agrumes…
• Intégrer des légumes secs dans son menu, au moins deux fois par semaine.
• Se nourrir de céréales (riz, pâtes, pain…) complètes ou peu raffinées, de préférence bio, et si possible quotidiennement.
• Ajouter des graines de lin ou de chia dans un yaourt ou un smoothie, par exemple.

Des probiotiques

Ce sont les micro-organismes — bactéries ou levures — ingérés vivants qui ont des effets bénéfiques sur la santé. Leur consommation peut améliorer la composition du microbiote.

On les trouve dans les :

• produits laitiers fermentés comme les yaourts, le lait caillé ;
• légumes fermentés tels que cornichons et olives marinés dans une saumure ;
• produits lactofermentés comme le kéfir de lait ou la choucroute ;
• fromages non pasteurisés qui contiennent de bonnes bactéries tels que cheddar, gouda, mozzarella, roquefort, brie, camembert, etc. ;
• boissons fermentées comme le kéfir d’eau ou de fruit ou bien le kombucha (thé sucré associé à un mélange de bactéries et de levures).

L’Inrae travaille sur des probiotiques de nouvelle génération qui sont des micro-organismes issus du tube digestif. L’institut de recherche a utilisé ces bactéries pour traiter efficacement un déséquilibre du microbiote chez les patients atteints de COVID-19.

Consommer des fruits et légumes, des céréales bio ou des probiotiques peut revenir cher.
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Limiter les sources de dysbiose pour protéger l’écosystème intestinal

Moins d’aliments ultra-transformés, de sucre et de viande

Une consommation élevée de ces aliments est mauvaise pour la santé. Nous savons aujourd’hui que les additifs alimentaires des produits industriels, ainsi que le sucre et certains constituants de la viande perturbent la microflore intestinale. Des recherches ont montré que :

• les émulsifiants et les édulcorants augmentent le potentiel pro-inflammatoire de certaines bactéries ;
• un excès de sucre durant l’adolescence altère le microbiote et entraîne une baisse des capacités cognitives à l’âge adulte ;
• une alimentation trop carnivore affecte la composition et les activités microbiennes.

Utilisation raisonnée des antibiotiques et des médicaments

D’après une étude publiée en 2020 dans Nature, des médicaments courants (antidépresseurs, antidiabétiques, etc.) peuvent s’accumuler dans le microbiote et perturber sa composition.

Des scientifiques canadiens ont découvert qu’une semaine d’antibiothérapie modifiait le profil des espèces microbiennes, jusqu’à un an après l’arrêt de la médication.

Faire un usage modéré des traitements médicamenteux est donc à considérer avec son médecin. Les solutions alternatives comme la phytothérapie sont intéressantes, mais elles ne doivent jamais remplacer une consultation médicale.

Lutter contre le stress pour préserver les bactéries de l’intestin

Un état psychologique perturbé a un effet délétère sur les populations microbiennes. Voici quelques pistes pour favoriser le bien-être mental :

• Pratiquer la méditation transforme positivement le microbiote.
• Faire de l’exercice physique et apprendre à mieux respirer permet de gérer l’anxiété.
• Essayer le stomach vacuum favorise la relaxation et la digestion !

Aujourd’hui, les chercheurs considèrent l’homme comme un hybride humain-microbes. Nous serions de « super-organismes » composés de micro-organismes qui jouent un rôle fondamental dans la digestion, l’immunité et même dans le comportement et l’inconscient.
Vous avez découvert des pistes pour préserver ou rééquilibrer le microbiote intestinal. Adopter une telle démarche, c’est prendre soin de soi-même tant au niveau physique que mental !

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Lila Bouber, pour e-Writers
Article rédigé lors du cursus de formation en rédaction web chez FRW.
Article relu par Élodie, tutrice de formation chez FRW.

Sources :

♦ DORE J., EHRLICH D., MONNET V., LE CHATELIER E., DE PAEPE M., et al. Dossier de presse INRA 2017 : microbiote, la révolution intestinale. 2017.

♦ CHEVALIER G., SIOPI E., GUENIN-MACÉ L. et al. Effect of gut microbiota on depressive-like behaviors in mice is mediated by the endocannabinoid system. Nat Commun 11, 6363, 2020.

♦ INRAE. Covid 19 : des probiotiques de nouvelle génération pour lutter contre le virus. https://www.inrae.fr/actualites/covid-19-probiotiques-nouvelle-generation-lutter-contre-virus [en ligne] (consulté le 07/07/2022).

♦ INSERM. Microbiote intestinal (flore intestinale). Une piste sérieuse pour comprendre l’origine de nombreuses maladies. https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale [en ligne] (consulté le 07/07/2022).